세계 최강의 슈퍼히어로 커맨더와 제트스트림을 부모로 둔 윌 스트롱버그는 자기처럼 슈퍼히어로 2세들을 대상으로 한 특별 학교 `스카이 하이`의 입학을 앞두고 큰 고민에 사로잡힌다. 바로 자신의 부모와는 달리 정작 자신은 아무런 슈퍼 파워를 가지고 있지 않기 때문이다. 아들 역시 엄청난 파워를 지닌 슈퍼히어로로 성장할 것이라는 부모의 기대는 윌이 학교에 들어가서 `슈퍼히어로 반`이 아닌 `슈퍼히어로의 조수반`에 배정되면서 무참히 깨어진다. 그러나, 윌은 우연한 기회에 자신의 내부에 숨어있던 슈퍼 파워를 이끌어내는데 성공한다. 이를 계기…